| 生於筑摩縣馬籠村(現長野縣木曾郡山口村),父親正樹,母親縫,是四男三女中的么兒,父親是馬籠地區的仕紳兼地方官。六歲時,由父親教導親筆書寫的「勸學篇」、「千字文」,在幼年期結束時開始學習「孝經」、「論語」。九歲時父親將其三兄弟送至東京求學,開始寄宿生涯。14歲從木村熊二習得英語,同年其父正樹在故鄉的禁閉室發狂而死等家庭因素,影響藤村後來孤獨、沈潛的憂鬱性格。
1891年正值於明治學院畢業。當時故鄉長兄經營事業失敗,家道中落,於明治女子學校任教職。後因與學生佐藤輔子苦戀,傷心之餘辭教職前往關西流浪九個月。1893年結識北村透谷參加「文學界」的創刊,陸續有詩作發表。1894年,透谷自縊,編集《透谷集》。
1896年赴仙台東北學院任教。隔年,處女詩集《若菜集》出版廣受好評。1899年與出生函館的秦冬小姐結婚。1906年自費出版經7年時間完成的第一部長篇《破戒》,受漱石等人激賞,成為最受矚目的自然主義文學掌旗手,成功之餘三個女兒卻陸續夭折。
1910年妻因難產去世,由姪女駒子協助扶育多年,後則因與姪女不倫事件,前去法國,其間亦發表多部作品,三年後歸國任早稻田大學、慶應大學講師,教法國文學。陸續發表了自然主義文學頂點《家》、告白文學最高峰《新生》,及歷史小說翹楚《黎明前夕》等作品。1943年8月22日,因腦溢血逝去,葬於大磯地福寺,遺髮與手骨分葬馬籠永昌寺,享年72歲。
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